1950年6月，正宁县人民检察署建立，属县人民政府序列。1952年与公安、法院、政府合署办公。

1955年2月改称为正宁县人民检察院，从县人民政府序列分离出来，成为独立的法律监督机关。检察长和副检察长均由省人民检察院提请最高人民检察院批准任命。

1958年12月，正宁县与合水县并入宁县，正宁县人民检察院撒销。1962年12月，正宁县恢复建制，正宁县人民检察院随之建立。

1968年3月，正宁县人民检察院被撤销。1978年7月，正宁县人民检察院恢复重建，设立检察委员会、人秘股、刑事检察股、经济检察股、法纪检察股、监所检察股。

1984年4月变为副县级建制，分设人秘科（次年改为办公室）、刑事检察科、经济检察科、法纪检察科、监所检察科，皆为科级单位。1988年4月设立控告申诉检察科。1989年6月成立正宁县人民检察院驻县税务局税务检察室。1990年10月将经济检察科更名为贪污贿赂检察科。1993年10月成立民事行政检察科。1997年7月成立反贪污贿赂局，贪污贿赂检察科同时撒销。1998年5月进行检察机构改革，将刑事检察科分设为审查批捕科和审查起诉科，撤销正宁县人民检察院驻县税务局税务检察室。2000年10月，成立法警队。

2002年7月审查起诉科更名为公诉科，审查批捕科更名为侦查监督科，法纪检察科更名为渎职侵权检察科。2006年11月成立反渎职侵权局，渎职侵权检察科同时撒销。2013年7月成立案件管理办公室。2013年11月成立职务犯罪预防科。内设机构达到12个。后经2018年反贪、反渎转隶，2019年内设机构改革，目前共有5个内设机构，分别是第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部、办公室。